প্রধান সেনাপতি মেনাহাতীর মৃত্যুর পরও সীতারাম প্রাণপণে মোগল বাহিনীর সঙ্গে লড়াই অব্যাহত রাখেন। সীতারাম শেষ রক্ষা করতে পারলেন না। যুদ্ধে পরাজিত ও বন্দী হয়ে মুর্শিদাবাদে প্রেরিত হন। কথিত আছে যে তাকে লোহার খাঁচায় বন্দী করে মুর্শিদাবাদে নিয়ে যাওয়া হয়।

নাটোর রাজ্যের সেনাপতি দয়ারাম রায় তাকে মুর্শিদাবাদে নিয়ে যান। দিঘাপতিয়ায় যাবারকালে পথিমধ্যে নাটোর রাজবাড়ীর কারাগারে বন্দী রাখা হয়। রাজা সীতারামকে যে কক্ষে বন্দী রাখা হয় তা আজও বিদ্যমান। মুর্শিদাবাদে কয়েকমাস বন্দী অবস্থায় থাকার পর নবাব তাকে মৃত্যুদন্ডে দণ্ডিত করেন।

অবশ্য সীতারামের মৃত্যু সম্পর্কে বিভিন্ন কথা শোনা যায়। কারো মতে তিনি বিষপানে আত্মহত্যা করেন। জে. ওয়েস্টল্যান্ড সীতারামের মৃত্যু সম্পর্কে বলেন, বন্দী অবস্থায় তাকে ঢাকায় নবাবের কাছে নেওয়া হয়। বন্দীশালায় নবাব তার প্রতি এক নজর তাকান। তাকে অল্প সময় সেখানে অবস্থান করানো হয়। নবাবের একজন অফিসার এসে তাকে বলে, জীবনের আশা নেই। অবশ্যই তাকে ফাঁসিতে ঝোলানো হবে।

প্রয়োজনে ব্যবহারের জন্য রাজা সীতারাম রায় সবসময় বিষযুক্ত আংটি হাতে রাখতেন। অবশেষে তিনি সেই বিষ পান করে আত্মহত্যা করেন। যদুনাথ ভট্টাচার্যের মতে, “কোন শাল বিক্রেতাদিগের সাথে যুদ্ধ করিয়া গঙ্গাতীরে মৃত্যুর কথাই সীতারামের গুরম্নকুল পঞ্জিকায় লিখিত আছে। সীতারামকে কেহ নিহত করেন নাই অথবা তিনি আত্মহত্যা করেন নাই”। সীতারামের মৃত্যু সম্পর্কেও মহম্মদপুর ও তার পার্শ্ববর্তী অঞ্চলে প্রচলিত কিংবদন্তি হল, অত্যাচারী রাজা সীতারাম প্রতিশোধের আগুন থেকে রক্ষা পাওয়ার জন্য রামসাগরে নৌকায় স্বহস্তে কুড়াল মেরে সপরিবারে জ্বলে ডুবে আত্মহুতি দেন।

আবার অনেকের মতে, মোগলদের নিকট থেকে রাজ্যের স্বাধীনতা রক্ষা করতে ব্যর্থ রাজা সীতারাম পরিবার পরিজন নিয়ে একখানি মজবুত কাষ্ঠ নির্মিত নৌকায় উঠেন এবং রামসাগরের মধ্যে নিয়ে যান। তার পর নৌকার মধ্যখানে কুঠারাঘাত করেন। ফলে নৌকার মধ্যে হু হু করে পানি উঠে এবং ফলস্বরূপ নৌকা ডুবে যায়।

আর এর সঙ্গে রামসাগরের অতল তলে হারিয়ে যায় রাজা সীতারাম ও তার পরিবার পরিজন। সত্যিই স্বাধীনচেতা, পরোপকারী মহম্মদপুরের এই রাজার মৃত্যু আজও রহস্যাবৃত রয়ে গেছে। এমনকি তার মৃত্যু সন তারিখ নিয়েও মতভেদ আছে। তার মৃত্যুর সন ১৭১৪ খ্রি., ১৭১৮ খ্রি., ১৭২২ খ্রি., ১৭২৪ খ্রি. বলে বিভিন্ন বর্ণনায় পার্থক্য লক্ষ্য করা যায়।